连花清瘟胶囊研发成功以后，国内的许多科研院所对它进行了大量科学研究，结果发现，连花清瘟胶囊的抗病毒作用远远超出了人们的预计，它不仅仅能够杀灭各种普通感冒病毒和流感病毒，还能够杀灭许多特殊病毒。
抗手足口病病毒
自2008年3月安徽阜阳出现儿童感染手足口病起，全国各省市也陆续发现疫情，目前感染病例已累计过万。引发儿童手足口病的是肠道EV71病毒，它能侵犯到心、脑、肺、肾等重要器官，重症患儿可出现肺水肿、脑炎等。中国疾病预防控制中心病毒病所科研人员，用连花清瘟颗粒药液进行杀灭肠道EV71病毒实验，结果证明连花清瘟颗粒在0.023~0.72mg/ml的浓度范围内，具有明显抗EV71病毒的作用，这充分表明连花清瘟颗粒对手足口病的治疗作用。
抗SARS病毒
人们大概都不会忘记2003年春天，非典在我国肆虐，连花清瘟胶囊就是以岭医药集团在这紧急关头组织强大的科研力量研发出来的治疗非典的创新药物。为了验证连花清瘟胶囊抗SARS病毒的作用，国家权威P3实验室从北京非典病人肺组织中分离出SARS病毒株进行连花清瘟胶囊的抗病毒研究，结果表明，在一定药物浓度下连花清瘟胶囊对SARS病毒具有明显的杀灭作用。
抗禽流感病毒
2004年，禽流感在我国的一些地区发作，中国农业科学院农业部动物流感重点开放实验室进行了连花清瘟胶囊杀灭禽流感病毒实验。由于这次实验不仅要验证连花清瘟胶囊是否能够杀灭禽流感病毒，还要弄清连花清瘟胶囊杀灭禽流感病毒的最佳药量，所以实验室将连花清瘟胶囊制成各种不同药物浓度的浸膏。结果表明，连花清瘟胶囊在每毫升含0.1g~0.25g生药的浓度范围内与禽流感病毒作用10分钟，对病毒的杀灭率可达99.99%，有显著的杀病毒作用;在0.5g~1g生药的浓度范围内与禽流感病毒作用10分钟，对病毒的杀灭率可达到100%，有完全杀灭禽流感病毒的作用。
