2002年底，广东民间出现了关于一种致命怪病的传言，甚至传说在一些医院有病人因此怪病而大批死亡。由于坊间流传煲醋和喝板蓝根可以预防怪病，因此市面出现抢购米醋和板蓝根的风潮，平时不到10元就能买一大包的板蓝根一下子飙升到三四十元，白醋价格也节节攀升，从10元至80元、100元，有摄影记者竟拍到了1000元一瓶白醋的历史照片。
这种致命怪病，就是今天大家都知道的SARS，也就是“非典”。
SARS初起时，以岭药业广东办事处有工作人员出现发烧症状，就立即将这件事报告给了公司总部。公司得知广东当地员工面临“非典”威胁，深知这种病起病急，传染性强，以发热为首发症状，体温常超过38℃，并出现频繁咳嗽，气促和呼吸困难等症状，这恰恰属于中医所说的外感热病范畴，公司科研人员立刻配备预防治疗外感热病的中草药制剂，快速邮寄到广东办事处的所有人服用，同时他们也把这连花清瘟最初始的中药配方送到了北京、天津等全国各地的办事处，给各地员工服用，结果原本发烧的那位员工很快退烧，而且在整个非典期间，全国各办事处的以岭员工再无一人中招。
紧接着，以岭药业成立了针对SARS病毒的中药科研组，研究广州非典发生发展的规律，并迅即组织了强大的科研力量，研究处方、探讨工艺、制定标准。他们向瘟疫挑战，与时间赛跑，众志成城地投入到连花清瘟的研制工作之中，在短短的15天内完成了连花清瘟的生产工艺和质量标准的研究工作。他们以汉代张仲景“麻杏石甘汤”、明代吴又可善用“大黄”、清代吴鞠通的“银翘散”三朝名方为基础，结合现代中药学抗病毒药物研究成果，并加入增强人体免疫的“红景天”，融两千年治疗外感热病精华，汇聚三朝名方”，研制出连花清瘟这一院内制剂。
以岭药业在紧锣密鼓地研制连花清瘟的同时，SARS病毒依然没有消停。以岭科研人员24小时不停做实验，当得知中国军事医学科学院刚刚分离出SARS病毒，河北省卫生主管部门负责人和以岭药业的科研人员就把连花清瘟送到北京军事医学科学院P3实验室，检验其对SARS病毒的治疗效果。结果发现，连花清瘟杀死SARS病毒的治疗效果很好，于是便把结果上报给了科技部。
在中医看来，流感与“非典”都属于“外感热病”的范畴，也就是中医所说的“瘟疫”。能够抗SARS病毒的连花清瘟胶囊是否也能抗流感病毒呢？基础实验给出了肯定的结论，中国中医科学院实验证实，连花清瘟对流感病毒H3N2、副流感病毒I型、呼吸道合胞病毒、腺病毒等均有抑制作用，出色的研究结果再一次鼓舞了研究者们。
实验室的结果不足以说明用在人身上有没有效果，在2003年5月份北京的药审会上，与会中西医专家就连花清瘟讨论了一天一夜。最后专家意见是：同意进入临床研究。由中国中医科学院广安门医院为组长单位，中国中医科学院西苑医院、北京中医药大学东直门医院、河北医科大学第二医院等为参加单位，对连花清瘟进行了多中心临床研究，结果表明连花清瘟治疗流感疗效确切。这是用在流感病人身上反映出的结果。
2004年5月，经历了科学严谨的研发后，连花清瘟胶囊一次性通过国家药品监督管理局、国家药审中心的审查，获得新药证书和生产批件，成为我国抗流感药物中的新成员。
连花清瘟上市后，也没有停止试验研究的步伐，这里有必要重点提一下广州呼吸疾病国家重点实验室。这家研究机构由中国工程院院士钟南山教授组织创建，目的就是通过高水平的科学和医学合作、基础与临床合作，开发新的疫苗或是特异性药物，以迅速封杀重大突发性呼吸系统传染病的威胁。正是在这家实验室里，连花清瘟有效抑制的“病毒名单”不断加长，其对甲型H1N1、H3N2、H7N9，乙型流感病毒、冠状病毒、呼吸道合胞病毒具有抑制作用。H3N2正是今年流行的流感病毒。
连花清瘟的抗菌性也非常有特点。中国中医科学院、河北医科大学、南京中医药大学等院所还通过多项研究发现，连花清瘟胶囊对金黄色葡萄球菌、甲乙型溶血性链球菌、肺炎球菌、流感杆菌等都具有抑制作用，更难能可贵的是，研究人员还通过对连花清瘟的研究看到了破解细菌耐药这一难题的曙光。
在自然条件下，细菌有浮游和生物膜两种存在形态。单个浮游菌容易被抗生素杀灭，而细菌生物膜很难被分解，大多数常规抗生素无法穿透生物膜，这是细菌耐药性形成和慢性感染性疾病迁延难愈的重要原因之一。
中国中医科学院的科研人员选取了肺炎的主要致病菌——金黄色葡萄球菌作为研究对象，发现青霉素对于悬浮的细菌及细菌生物膜形成初期作用明显，但对已形成细菌生物膜后的细菌没有明显作用。与此相反，连花清瘟胶囊能杀灭细菌，而且细菌生物膜的存在对连花清瘟胶囊杀灭细菌的作用无明显影响。
研究人员还发现，连花清瘟胶囊能明显抑制生物膜内的活菌数量，而这正是青霉素无法突破的禁区，连花清瘟胶囊能破坏细菌的整体结构，使细菌胞体胀大，细胞破裂，造成菌体大小不一，与青霉素的抗菌机制截然不同。
相关专家表示，中国中医科学院的这一重大发现填补了国内同类研究的空白，为中药天然抗生素对抗“超级细菌”的研究提供了重要线索。
