国家卫健委与国家中医药管理局联合发布《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第六版）》，湖北、广州、浙江、山东、河北等二十多个省市陆续发布新冠肺炎防治方案中，都对连花清瘟胶囊、颗粒进行推荐。连花清瘟胶囊的科研成果获得了2011年度国家科技进步二等奖，这是其他同类药物所不具备的科技创新优势。从2004年进入市场至今，连花清瘟在我国流感、禽流感、新冠肺炎等重大公共卫生事件中，屡次发挥重要作用。中医药科研成果在疫情防控中发挥重要作用，体现了中药科技创新的价值。
面对正在发生的新冠肺炎疫情，以岭药业在第一时间通过中国红十字会向疫区捐赠一千多万元连花清瘟，让疫区早用药、早发挥治疗作用，彰显了以岭药业对疫区人民的关爱。其中，保障湖北疫区药品达900万盒，粗略估算，覆盖湖北省上百万人次使用，武汉所有方舱医院也将连花清瘟作为基础用药。
2月28日，央视记者采访来自武汉方舱医院、贵州第三批支援湖北医疗队国家紧急医学救援队队员穆茂，询问与世界卫生组织专家组的交流情况，据他介绍：“专家特别感兴趣的是我们舱内是否使用了中医药进行中西医结合治疗新型冠状病毒肺炎，我就回答，我们是用中成药连花清瘟胶囊，这个药物也是试行第六版诊疗方案中推荐的。”
进入疫情阶段以来，在全国覆盖约7000万人次应用连花清瘟。湖北省、黑龙江省等许多省市将连花清瘟胶囊/颗粒作为储备用药，国家工业和信息化部将其作为疫情防控重点保障物资清单中的医疗应急保障物资。
在疫区连花清瘟的大面积使用中，无论是确诊患者，还是疑似病例也表现出了良好效果。由武汉科技大学附属普仁医院、武汉市第九医院、华润武钢总医院，采用连花清瘟颗粒治疗的临床报道，分别刊登在《世界中医药》《中医杂志》《中国实验方剂学杂志》。
武汉科技大学附属普仁医院应用连花清瘟颗粒联合常规治疗新冠肺炎患者54例，结果证实：连花清瘟颗粒明显改善新冠肺炎普通型患者发热、咳嗽、乏力等症状，减少发热、乏力、咳嗽持续天数，为临床治疗该病提供研究证据；武汉市第九医院和华润武钢总医院治疗42例新冠肺炎确诊普通型患者，设治疗组与对照组。结果表明：连花清瘟治疗组能够明显缓解发热、咳嗽、咳痰、气促等临床症状，尤其是在改善发热症状方面显示出了独特优势，发热消失时间较对照组平均缩短1.5天，同时还能改善乏力、肌肉痛等其他症状。
武汉科技大学附属华润武钢总医院就诊的新冠肺炎疑似患者101例，联合应用连花清瘟治疗组63例，对照组38例，研究结果表明连花清瘟明显改善发热、咳嗽、乏力症状，缩短发热时间1天，同时缓解气促症状，减轻肺部湿啰音，降低转重症比例。
钟南山院士在2月18日，在广东省政府召开的疫情防控发布会上提出：连花清瘟胶囊等中药已经在新冠肺炎临床中常用，中药使用后显示能减少病毒进入细胞，减轻炎症症状，这可以给中药使用提供一些证据。
钟南山院士团队广州医科大学呼吸疾病国家重点实验室杨子峰教授介绍：“连花清瘟胶囊（颗粒）显示体外有显著抑制新型冠状病毒的细胞病变效应，透射电镜分析也发现了连花清瘟胶囊（颗粒）能减少新型冠状病毒在感染细胞里面的胞浆，还有囊泡内的病毒颗粒。我们知道这一次的新型冠状病毒不仅是一个病毒，而且还会引起一系列的过度炎症表达，所以也观察到连花清瘟胶囊（颗粒）对人的普通冠状病毒（HCoV-229E），还有新型冠状病毒（COVID-19）感染细胞和诱导的TNF-α、IL-6、CCL2/MCP-1和CXCL-10/IP-10等炎症因子过度表达抑制作用。这个跟临床的炎症因子是相吻合的，连花清瘟完成了42例的新型冠状病毒确诊的试验，研究结果发现常规治疗联合了中药以连花清瘟颗粒为代表，它能明显缓解发热、咳嗽、气促等临床症状，而且发热消失时间较对照组平均缩短1.5天，对疑似病例有相似的作用。应该说为新型冠状病毒治疗带来一些希望，特别是轻症、中度，缓解抗疫的燃眉之急。”
中央指导组中医药专家、中国工程院院士、天津中医药大学校长张伯礼教授在接受有关媒体采访时表示，“从现在来看，对冠状病毒本身有抑杀作用的药比较多，做完实验有肯定效果的，并且写在说明书的，是连花清瘟。”
目前，全国各地都在倡导抗疫阶段要发挥中医药的特色优势，促进中医药深度介入诊疗过程，及时推广和服用有效方药和中成药，作为获得国家科技进步二等奖的连花清瘟，更应发挥其中药科技创新成果的重要作用。
